AIPTLMI merupakan organisasi yang menghimpun institusi penyelenggara Pendidikan Tinggi Teknologi Laboratorium Medik yang semula bernama AIPTAKI (Asosiasi Institusi Pendidikan Teinggi Analis Kesehatan). Pembentukan asosiasi ini dimulai ketika pelaksanaan kegiatan Simposium Internasional pada tanggal 6 Mei 2012 di Hotel Aston Bandung yang diselenggarakan oleh STIKES Jenderal Achmad Yani Cimahi yang dihadiri oleh 30 (tiga puluh) institusi pendidikan tinggi penyelenggara Pendidikan Tinggi Analis Kesehatan dari seluruh Indonesia.
Dalam kegiatan tersebut disepakati untuk dilakukan pertemuan lanjutan guna membentuk sebuah wadah yang menghimpun institusi pendidikan tinggi Analis Kesehatan di Surabaya pada tanggal 23-25 November 2012 di Hotel Garden Palace Surabaya yang diprakarsai oleh organisasi profesi PATELKI (Persatuan Ahli Teknologi Laboratorium Medik Indonesia) yang pada saat itu dipimpin oleh Bapak Entuy Kurniawan, S.Si., M.K.M. Kegiatan di Surabaya ini selanjutnya disebut Kongres I AIPTAKI yang menyepakati pembentukan dan pengangkatan Pengurus AIPTAKI Periode 2012-2015 dengan ketua terpilih Ibu Dra Estu Lestari, MM dari Poltekkes Jakarta III.
Pada awal pendirian, jumlah anggota yang terdaftar adalah 35 Institusi Pendidikan Tinggi Analis Kesehatan dari sekitar 80 Institusi Pendidikan Tinggi Analis Kesehatan yang ada di seluruh Indonesia termasuk Institusi Negeri dan Swasta.
Kepengurusan AIPTAKI Periode Pertama berakhir pada bulan November 2015. Oleh karena itu dilaksanakan Kongres II yang salah satu agendanya adalah pemilihan kepengurusan AIPTAKI Periode 2015-2018 melalui sidang organisasi. Hasil Kongres menghasilkan kepengurusan Periode Kedua AIPTAKI dengan terpilihnya kembali Ibu Dra. Estu Lestari, MM untuk kedua kalinya.
Perubahan nomenklatur program studi yang semula Analis Kesehatan menjadi Teknologi Labroatorium Medik perlu disikapi. Perubahan nomenklatur tersebut tertuang dalam Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 257 Tahun 2017 tentang Nama Program Studi Pada Perguruan Tinggi. Pertemuan untuk membahas perubahan nomenklatur ini dilakukan pada kegiatan Kongres Luar Biasa pada tanggal 17-19 Maret 2017 di Amaroossa Royal Hotel Bogor. Nama organisasi yang semula AIPTAKI (Asosiasi Institusi Pendidikan Tinggi Analis Kesehatan Indonesia) berubah menjadi AIPTLMI (Asosiasi Institusi Pendidikan Tinggi Teknologi Laboratorium Medik Indonesia).
Seiring berjalannya kepengurusan, terdapat pergantian pengurus sehubungan dengan mundurnya salah satu pengurus, sehingga diterbitkan revisi susunan pengurus pada bulan Maret 2017. Ketua II semula Ayi Furqon, SKM, M.Biomed digantikan oleh Syamsuriansyah, S.Pd, M.Kes.
Pendirian AIPTLMI telah tercatat di kantor notaris Hesti Pudjiastuti, SH.,M.Kn yang berkedudukan di Bekasi dengan nomor 01 Tanggal 16 Juni 2017 berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU-0010139.AH.01.07 Tahun 2017 tentang Pengesahan Pendirian badan Hukum Perkumpulan Institusi Pendidikan Tinggi Teknologi Laboratorium Medik Indonesia.
